帶您了解一下原位雜交檢測步驟
原位雜交涉及的步驟:玻片的準(zhǔn)備和樣品固定,細(xì)胞或組織的預(yù)滲透處理,靶DNA變性(DNA原位雜交),探針制備,原位雜交過程,雜交后洗滌,探針(顯色)檢測。
1.玻片的準(zhǔn)備和樣品固定
對于染色體涂片,1:1的乙醇/醚處理的載玻片已能符合要求。對于組織切片的原位雜交,為了在實(shí)驗(yàn)過程中不丟失組織樣品,可使用多聚賴氨酸或鉻礬明膠包被的載玻片。
樣品的固定步驟是為了保持樣品的原有形態(tài)學(xué)。樣品固定是原位雜交中必不可少的步驟,從化學(xué)反應(yīng)角度來看,固定劑的使用和選擇對后續(xù)雜交的影響不會太大,因?yàn)楹怂犭s交的功能分子基團(tuán)被安全地包裹在DNA雙螺旋結(jié)構(gòu)中,而交聯(lián)劑的使用對RNA基本沒有影響。對于染色體涂片,常使用甲醇/醋酸溶液固定;石蠟包埋的組織切片用福爾馬林固定。冷凍切片可通過在4%的甲醛溶液中固定30min,或使用Bouin固定劑。
2.樣品預(yù)處理
在待測樣品中,DNA或RNA通常都是被蛋白包裹纏繞,根據(jù)不同的細(xì)胞和組織樣品的應(yīng)用,可選擇合適的預(yù)處理方法將靶核酸暴露:
內(nèi)源性酶滅活:如果探針的檢測是通過酶促法進(jìn)行的,則樣品內(nèi)相應(yīng)的內(nèi)源性酶必須被滅活。如內(nèi)源性的POD可通過含1%H2O2的甲醛溶液處理30min。如果檢測酶為AP,可在底物溶液中加入左旋咪唑,AP檢測的內(nèi)源性背景一般來說比POD檢測的低得多,因?yàn)樵陔s交過程中,樣品中內(nèi)源性AP酶的活性基本都喪失了。
RNase處理:在DNA-DNA雜交實(shí)驗(yàn)中,RNase的處理可去除內(nèi)源性RNA,增加實(shí)驗(yàn)的信噪比。在進(jìn)行mRNA為靶標(biāo)的檢測時,RNase處理的樣品也可作為質(zhì)控對照。通常的處理方式是將DNase-free的RNase溶解于2×SSC(100μg/ml),樣品在溶液中37℃處理60min。
SSC=150mMNaCl,15mM檸檬酸鈉溶液(pH7.4)
HCl處理:對樣本進(jìn)行20-30min的200mMHCl處理,可將蛋白抽提,并將核酸序列進(jìn)行一定程度的水解,增加雜交檢測的信噪比。
去垢劑處理:如果對樣品的固定、脫水、包埋等預(yù)處理過程不足以將脂膜成分破壞暴露核酸,可對樣品進(jìn)行額外的蛋白去垢劑處理(如TritonX-100和SDS)。
蛋白酶處理:樣品中待雜交的核酸序列常與蛋白纏繞交聯(lián)在一起,樣品的固定步驟更是加劇了蛋白的交聯(lián)程度,因此預(yù)滲透是核酸雜交前的常規(guī)步驟,通常通過蛋白酶K的消化作用來完成。根據(jù)不同的文獻(xiàn)來源,蛋白酶K的工作濃度通常設(shè)為10-500μg/ml(溶解于20mMTris-HCl,2mMCaCl2,pH7.4,酶濃度可根據(jù)具體樣品進(jìn)一步優(yōu)化),對樣品進(jìn)行37°C7.5–30min的處理。染色體涂片或核片的蛋白酶K處理濃度可降至1μg/ml消化7.5min。也有文獻(xiàn)指出,福爾馬林固定石蠟包埋的組織切片樣品,使用胃蛋白酶(500μg/ml,溶于200mMHCl)將得到較好的蛋白消化結(jié)果。
對于結(jié)締組織,肝組織等樣品,還可進(jìn)行Collagenase和Dispase的組織消化處理,以降低背景。
3.探針制備
在進(jìn)行研究前,確定應(yīng)用的探針類型。不同探針類型的優(yōu)劣勢請見上文描述。DNA探針的制備包括了前期的DNA片段分離純化(或cDNA的克?。┖兔复偬结槝?biāo)記,可選隨機(jī)引物標(biāo)記法和缺口平移法等。RNA探針的制備包括了轉(zhuǎn)錄載體克隆和轉(zhuǎn)錄法探針標(biāo)記。寡核苷酸探針的制備要求先獲得合成的寡核苷酸片段,再進(jìn)行末端標(biāo)記或加尾法探針標(biāo)記。但無論采用何種標(biāo)記探針及標(biāo)記方法,對探針標(biāo)記效果需進(jìn)行最終的評估,并準(zhǔn)確計(jì)算探針濃度。
4.原位雜交過程
雜交前可進(jìn)行預(yù)雜交,以防止較高的背景染色。預(yù)雜交條件與雜交條件相同,只是預(yù)雜交液中不含探針和硫酸葡聚糖。
靶DNA的變性(對mRNA的原位雜交無需此步)
樣品DNA的變性在DNA-DNA雜交檢測中是必須的步驟,但同時可能會造成樣品形態(tài)學(xué)的部分破壞,此步是實(shí)驗(yàn)中需要優(yōu)化的一個步驟。常用的變性方法為堿變性和熱變性,實(shí)驗(yàn)時可以摸索變性時間、變性溫度等參數(shù)以獲得最佳條件。
如使用熱變性方法,可在雜交時將探針的變性和樣品DNA變性同步進(jìn)行:將樣品和探針溶液加蓋蓋玻片,置于烘箱80℃變性,染色體DNA樣品處理2min,后冷卻至37℃進(jìn)行雜交。組織樣品DNA的變性時間可增加至80℃10min。
以上就是原位雜交檢測步驟
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